Computermodell der 3D-Struktur eines Proteins auf der Oberfläche des neuen Coronavirus Sars-CoV-2
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Strukturbiologie
Uni Augsburg spendet Rechenleistung für Corona-Forschung

Die Computer vieler Universitäten bleiben in der Corona-Krise ungenutzt. Die Rechenleistung stellt die Uni Augsburg nun der Forschung zur Verfügung.

14.05.2020

Die Universitäten in Deutschland sind momentan weitgehend leer, die Lehre findet während der Corona-Pandemie aus der Ferne statt. Dadurch bleiben an den Hochschulen viele Computer ungenutzt. Die Universität Augsburg hat deren Prozessorleistung nun für ein Forschungsprojekt gespendet, wie die Augsburger "StadtZeitung" berichtete.

Das Projekt "Folding at home" erforscht zu medizinischen Zwecken durch gespendete Rechenleistung von Privatpersonen aus der ganzen Welt die Faltung von Eiweißmolekülen. Diese Forschung soll nun auch bei der Entwicklung von Therapien gegen Covid-19 helfen, indem Struktur und Funktion der Virus-Proteine untersucht werden. Daraus lassen sich laut Bericht Angriffsstellen für Medikamente und Impfstoffe ableiten. Das Projekt forscht auch zu Alzheimer, Chorea Huntington und verschiedenen Krebsarten, die vermutlich durch falsch gefaltete Proteine ausgelöst werden.

Proteinmoleküle sind aus Ketten verschiedener Aminosäuren aufgebaut, die sich in dreidimensionale dynamische Strukturen falten. Auf dieser beweglichen Struktur beruht die jeweilige Funktion des Moleküls. Computer können berechnen, welche Struktur und Bewegungen der Moleküle wahrscheinlich sind. Viele Forschungsmethoden bildeten jedoch nur eine statische Struktur der Proteinmoleküle ab, so der Bericht, weil für deren Bewegungsablauf eine enorme Rechenleistung notwendig wäre. Das "Folding at home"-Projekt nutze deshalb fremde Rechenleistung, um die Faltung der Eiweißmoleküle zu simulieren.

Aktuell konzentriere das Projekt, das von der Washington University geleitet wird, einen Großteil seiner globalen Rechenleistung auf die Erforschung des Coronavirus. Auf mehr als 160 handelsüblichen Computern der Uni Augsburg laufe nun die "Folding at Home"-Software. Diese melde an einen Server in den USA, wieviel Prozessor-Kapazität der jeweilige Rechner im Moment zur Verfügung stellen kann. Der Computer bekomme dann eine Teil-Aufgabe in den Berechnungen zugewiesen. Im Verbund ließen sich so Aufgaben bearbeiten, die selbst Hochleistungs-Rechenzentren vor Probleme stellen würden.

Auch Privatpersonen könnten ihren Computer der Forschung zur Verfügung stellen. Allerdings spende man dadurch nicht nur die Zeit am Computer, sondern auch Geld. Je nach Strompreis koste es laut Berechnungen des "Folding at home"-Teams rund elf Euro pro Monat, seinen Computer acht Stunden am Tag für das "Folding" zur Verfügung zu stellen.

ckr